Восстановить дату последней модификации файла из базы rpmdb позволяет команда:

touch -m --date="`rpm -q --qf '%{FILEMTIMES:date}' -f <filename>`" <filename>

Например, рассмотрим ситуацию

# rpm -V postgresql-server
.......T  c /var/lib/pgsql/.bash_profile
#

У файла поменялась дата модификации в связи с внесением в него временных изменений. Восстановим дату модификации на хранимую в rpmdb

# touch -m --date="`rpm -q --qf '%{FILEMTIMES:date}' -f /var/lib/pgsql/.bash_profile`" /var/lib/pgsql/.bash_profile

Проверим, что изменения имели место быть

# rpm -V postgresql-server
#

Проверка прошла успешно.